Просто добавьте еще один столбец на тот случай, если вы хотите, чтобы имя и идентификатор были уникальными:
import pandas as pd
data = [['Joe', 110],
['Joe', 123],
['Joe', 'PENDING'],
['Mary', 'PENDING'],
['Mary', 'PENDING'],
['es', 110],
['Joe', 110],
['Joe', 123]]
df = pd.DataFrame(data=data, columns=['NAME', 'ID'])
df = df[~df.duplicated(['ID', 'NAME']) | (df['ID'] == 'PENDING')]
print(df)