Как исправить «Aborted (core dumped)» при попытке объединить файл netcdf с помощью cdo? - PullRequest
Новая
       99

Как исправить «Aborted (core dumped)» при попытке объединить файл netcdf с помощью cdo?

0 голосов
/ 26 октября 2019

Когда я пытаюсь объединить два файла netcdf с помощью cdo в Linux Ubuntu, он не работает и говорит: «Прервано (сброшено ядро)», как это исправить? спасибо

behzad @ behzad-x44h: ~ / Desktop $ cdo merge depos.1982.nc deg.1983.nc deg_all.nc Внимание! Ошибка несоответствия версии библиотеки HDF5 Заголовочные файлы HDF5, используемые для компиляции этого приложения, не соответствуют версии, используемой библиотекой HDF5, с которой связано это приложение. Повреждение данных или ошибки сегментации могут произойти, если приложение продолжит работу. Это может произойти, когда приложение было скомпилировано одной версией HDF5, но связано с другой версией статической или общей библиотеки HDF5. Вам следует перекомпилировать приложение или проверить параметры, относящиеся к вашей общей библиотеке, такие как «LD_LIBRARY_PATH». Вы можете на свой страх и риск отключить это предупреждение, установив для переменной среды «HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK» значение «1». Установка его на 2 или выше полностью подавит предупреждающие сообщения. Заголовки 1.10.0, библиотека - 1.10.5. РЕЗЮМЕ КОНФИГУРАЦИИ HDF5 ======================================

Общая информация: 

               HDF5 Version: 1.10.5
              Configured on: Thu Oct 24 21:08:24 +0330 2019
              Configured by: behzad@behzad-x44h
                Host system: x86_64-unknown-linux-gnu
          Uname information: Linux behzad-x44h 5.0.0-32-generic #34~18.04.2-Ubuntu SMP Thu Oct 10 10:36:02 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
                   Byte sex: little-endian
         Installation point: /usr/local

Параметры компиляции: 

                 Build Mode: production
          Debugging Symbols: no
                    Asserts: no
                  Profiling: no
         Optimization Level: high

Параметры связывания: 

                  Libraries: static, shared

Статически связанные исполняемые файлы: LDFLAGS: H5_LDFLAGS: AM_LDFLAGS: Дополнительные библиотеки: -lz -ldl -lm Архиватор: ar AR_FLAGS: cr Ranlib: ranlib

Языки: 

                          C: yes
                 C Compiler: /usr/bin/gcc
                   CPPFLAGS: 
                H5_CPPFLAGS: -D_GNU_SOURCE -D_POSIX_C_SOURCE=200809L   -DNDEBUG -UH5_DEBUG_API
                AM_CPPFLAGS: 
                    C Flags: 
                 H5 C Flags:  -std=c99  -pedantic -Wall -Wextra -Wbad-function-cast -Wc++-compat -Wcast-align -Wcast-qual -Wconversion -Wdeclaration-after-statement -Wdisabled-optimization -Wfloat-equal -Wformat=2 -Winit-self -Winvalid-pch -Wmissing-declarations -Wmissing-include-dirs -Wmissing-prototypes -Wnested-externs -Wold-style-definition -Wpacked -Wpointer-arith -Wredundant-decls -Wshadow -Wstrict-prototypes -Wswitch-default -Wswitch-enum -Wundef -Wunused-macros -Wunsafe-loop-optimizations -Wwrite-strings -finline-functions -s -Wno-inline -Wno-aggregate-return -Wno-missing-format-attribute -Wno-missing-noreturn -O
                 AM C Flags: 
           Shared C Library: yes
           Static C Library: yes


                    Fortran: no

                        C++: no

                       Java: no

Особенности: 

               Parallel HDF5: no

Параллельно отфильтрованный набор данныхЗапись: нет Большой параллельный ввод / вывод: нет Библиотека высокого уровня: да Потокобезопасность: нет Сопоставление API по умолчанию: v110 С устаревшими общедоступными символами: да Фильтры ввода / вывода (внешние): дефляция (zlib) MPE: нет Прямой VFD: нет dmalloc: нет Пакеты с дополнительными данными отладки: нет Трассировка API: нет Использование проверки памяти: нет Проверка работоспособности выделения памяти: нет Трассировка стека функций: нет Строгие проверки формата файла: нет Инструментарий оптимизации: нет Пока ... Прервано (ядро сброшено)

...