Это зависит от требований программиста и проекта. Обычно я предпочитаю создавать приложение администратора для проектов CMS и создавать структуру панели администратора внутри этого приложения. Для основного сайта, статического контента, медиа-файлов я предпочитаю, чтобы он находился в корневом каталоге проекта.
Так что структура папок выглядит примерно так ...
Project
|__rootApp(Includes settings.py)
|__admin(app)
| |__users
| |__roles
| |__permissions
|__users
|__posts
|__comments
|__app1
|__app2
.
.
.
|__static
|__media
|__templates
|__manage.py