если вы можете загрузить свой файл в информационный фрейм, вы можете сделать это следующим образом.
import pandas as pd
from operator import sub
from functools import reduce
d = [["x", "y", "particle"], [23, 25, 0],[12, 15, 0], [54, 45, 0], [32, 11, 1], [21, 43, 1], [43, 11, 1]]
df = pd.DataFrame(d[1:], columns=d[0])
my_sub = lambda e: reduce(sub, e)
df2 = df.pivot_table(index = "particle", values=["x", "y"], aggfunc=my_sub)
print(df2)