Посмотрите, имеет ли HTML для страницы атрибут «disabled», установленный для этих элементов INPUT. Если это так, то javascript используется для включения элементов после загрузки страницы. Это довольно распространенный метод, позволяющий предотвратить преждевременную попытку пользователей взаимодействовать со страницей до загрузки всех сценариев.
Если это то, что происходит, то, вероятно, вы нарушили способ, которым скрипт распознает, какие элементы необходимо включить. Поскольку это происходит только в IE6, похоже, что скрипт может выполнять какую-то эзотерическую навигацию по DOM, которая прервалась в результате изменений в разметке или CSS.
К сожалению, это то, что вам придется отлаживать, возвращаясь к предыдущим версиям, пока вы не определите внесенные вами изменения, которые сломали страницу.