Я не могу говорить конкретно с файлами ANT или JAR. Но, вообще говоря, одной из целей подписания является предотвращение вмешательства в код. Как только код был изменен, подпись больше не действительна, и это сделано специально. Вам нужно будет заново подписать файл JAR после внесения обновлений.