Нет. ПК должен иметь возможность обнаруживать оба устройства, если два модуля HC-06 находятся в состоянии обнаружения. Каждое устройство Bluetooth имеет уникальный идентификатор, поэтому у каждого устройства Bluetooth есть уникальный адрес.
Исходя из вашего вопроса, я думаю, что приложение пытается подключиться к первому найденному устройству.