В конфигурации моего веб-сервера Apache я не верю, что фактическое содержимое файла определяет, будет ли файл работать как скрипт или нет. Определение того, следует ли отображать файл в текстовом или графическом формате или запускать его в качестве сценария, принимается путем сопоставления конца файла.
Например, директива в файле конфигурации apache, httpd.conf
Приложение AddType / x-httpd-php .php
указывает серверу запускать файлы, оканчивающиеся на .php, для запуска в качестве сценария php. Так что просто убедитесь, что ни один из загруженных файлов не сохраняется с окончанием .php, или каким-либо другим окончанием исполняемого скрипта, или любым окончанием файла, которое вы используете для включаемых файлов.