Не удается обновить версию gcc / g ++? - PullRequest
Новая
       83

Не удается обновить версию gcc / g ++?

0 голосов
/ 07 октября 2019

Когда я пытался установить bedtools в Ubuntu 18, он показывал ошибку, как показано ниже: 

cc1plus: error: unrecognized command line option "-std=c++11"

make[1]: * [../../../obj//FileRecordMgr.o] Error 1

Я думаю, проблема в версии gcc / g ++. В настоящее время версия gcc - 4.4.7. Однако я не могу обновить gcc / g ++ с помощью команды sudo, потому что я устанавливаю его в кластер HPC. Не могли бы вы предложить мне несколько альтернативных способов решения этой проблемы?

1 Ответ

0 голосов
/ 10 октября 2019

... попытался установить bedtools в Ubuntu 18 ... нераспознанный параметр командной строки "-std = c ++ 11". ... версия gcc - 4.4.7

Ubuntu 18.04.2: gcc / g ++ по умолчанию - версия 7.4.0. Довольно необычно, что установлено 4.4.7. Если вы не можете перейти на g ++ - 7.4, можно использовать «пакет bedtools2-bin». 

$ git clone https://github.com/arq5x/bedtools2.git
$ cd bedtools2/
$ make   
        ### the folder bin/{bedtools + 38 scripts} is created

Пакет: bedtools2-bin_2.29.0-ubuntu18_amd64.tar.gz https://drive.google.com/drive/folders/1OjAsgpzqx-sK_3PF8FUGuinYqW_jVEWg?usp=sharing

Распакуйте bedtools2-bin_2.29.0-ubuntu18_amd64.tar.gz: 

$ cd bedtools2/
$ tar xvf bedtools2-bin_2.29.0-ubuntu18_amd64.tar.gz
...