Из документации по этим переменным не совсем понятно (во всяком случае, мне), как они работают / на какие функции они влияют, поэтому я разделяю вашу путаницу.
Для рассматриваемой функции, ido-find-file
на комментарии, достаточно изменить переменную ido-ignore-files
для включения нежелательных каталогов.
После небольшого дальнейшего изучения - отслеживания библиотеки idoи вызывая ido-find-file
- я могу с уверенностью сказать, что ido-ignore-directories
здесь не имеет прямого отношения, (сокращенный) путь к коду равен
ido-find-file
-> ... -> ido-make-file-list
->... -> ido-file-name-all-completions