Пользователь может указать пути в командной строке
./script.pl D:/Perl/Source/bin D:/Perl/Destination/bin
И в своем сценарии
my $source_dir = $ARGV[0]; my $target_dir = $ARGV[1];
Вы также можете использовать модули GetOpt ::, чтобы сделать это большеэлегантно.