Я хочу вызвать функцию JavaScript через PHP и сохранить возвращаемое значение в переменной PHP. Как это сделать?
Вы не можете этого сделать - javascript, являющийся технологией на стороне клиента, будет работать после того, как ваш PHP-скрипт уже завершен, поэтому нет способа сделать то, что вы хотите достичь.