Вы должны внешне зашифровать свой файл.
Поскольку полученный файл sql является текстовым файлом. Используйте zip или rar для сжатия и шифрования ваших данных. Более подробно для Windows, пожалуйста, ищите другие операционные системы или программы, отличные от 7zip
Сначала сделайте резервную копию
mysqldump --routines yourdatabase/schema > outputfile.sql
Есть много вариантов, поэтому проверьте https://dev.mysql.com/doc/refman/8.0/en/mysqldump.html
Теперь запустите, например, 7zip File Manager
Выберите файл вывода nackup dile outputfile.sql
И нажмите кнопку добавления
Появится это диалоговое окно 
Дайте вашему новому сжатому файлу имя. введите пароль.
Выберите sfx, если вы не уверены, если на компьютере, где вам необходимо восстановить базу данных, установлен 7zip
Winzip и winrar имеют свои собственные методы.
Конечно, есть решения, которые вы можете использовать в командной строке. см https://dba.stackexchange.com/questions/5831/how-do-you-encrypt-data-while-performing-a-mysqldump