Вероятно, это не лучший способ сделать это, но вы можете попробовать:
library(dplyr)
filter(data, substr(Date, 12, 20) == "12:00:00")
Возможно, вам следует быть осторожным, если даты не все находятся в одном часовом поясе, возможно, из-за дневного света. Экономия времени, в зависимости от того, что именно вы подразумеваете под «полднем».