Достигнуто это наконец. Единственное, что мне нужно было понять, это то, что BAR-файл ничем не отличается от обычного ZIP-файла. Его просто нужно назвать с расширением .bar.
Для его динамического развертывания нам необходимо использовать службу репозитория в библиотеке движка Flowable. Ниже фрагмент кода позволяет динамически развертывать рабочий процесс. После развертывания вы можете свободно удалить файл рабочего процесса, так как рабочий процесс записан в базе данных.
String barFileName = "path/to/process-one.bar";
ZipInputStream inputStream = new ZipInputStream(new FileInputStream(barFileName));
repositoryService.createDeployment()
.name("process-one.bar")
.addZipInputStream(inputStream)
.deploy();