GWT - это, прежде всего, технология на стороне клиента. Вам нужно решить, в каком стеке вы будете разрабатывать свой бэкэнд. Это может быть бэкэнд ASP.NET, простое статическое развертывание apache или полный J2EE-стек. Это зависит от того, что будет делать ваше приложение. Когда все сказано и сделано, приложение GWT - это всего лишь несколько html и несколько javascript. Вы можете обслуживать эту часть с любого веб-сервера.
Реальный вопрос в том, с каким бэкэндом будет разговаривать клиент GWT. Что сбивает с толку, так это то, что многие приложения GWT используют GWT-RPC, что означает, что они будут написаны на Java и, следовательно, требуют Java-бэкэнда. Но вы также можете написать приложение GWT, которое является автономным (то есть не требует обработки на стороне сервера) или взаимодействует с приложением .net, используя некоторый интерфейс веб-службы.