Как я только что написал на другой вопрос, самый простой способ:
char* errmsg;
int result = sqlite3_exec(database, "COMMIT", NULL, NULL, &errmsg);
с обычными результирующими кодами & c (вам нужно sqlite3_free (errmsg) после того, как вы использовали сообщение об ошибке, на которое оно указывает, если оно есть).