Вы должны использовать функцию np.isnan , чтобы проверить 'nan'ness числа.
Вы можете посмотреть на этот вопрос :
«NaN обладает свойством, которое не равно себе, вы должны использовать np.isnan для проверки значений NaN»
import numpy as np
myList = [[1, 2, 3, 4],[3, 4, 5, 6], [5, 6, 7, 8]]
arr = np.array(myList, dtype='float')
arr[1,1] = np.nan
arr[1,2] = np.inf
arr = np.where(arr==np.inf, -1, arr)
arr = np.where(np.isnan(arr), -1, arr)
print(arr)