График SOM Кохонена отображает наблюдения внутри кластерного графика. как убрать?

Question

Я бегу:

kmeansDat.t <- som_model$codes[[1]] %>% as.matrix


som_cluster <- cutree(hclust(dist(kmeansDat.t)), 5) %>% as.matrix
# plot these results:
plot(som_model, type="mapping", bgcol = pretty_palette[som_cluster], main = "Clusters") 
add.cluster.boundaries(som_model, som_cluster)

Мой вывод загроможден темными кругами, каждый из которых, по-видимому, представляет количество наблюдений в каждом узле. Как я могу удалить их?

Есть идеи, почему это происходит?

Answer 1

Настройка pchs="" внутри plot.kohonen решает проблему:

library(kohonen)
library(magrittr)
# A dataset for testing the code
data(yeast)
X <- matrix(rnorm(100000), nrow=1000)
som_model <- som(X, somgrid(30, 30, "hexagonal"))
kmeansDat.t <- som_model$codes[[1]] %>% as.matrix
pretty_palette <- rainbow(5)   
som_cluster <- cutree(hclust(dist(kmeansDat.t)), 5) %>% as.matrix
# Plot Kohonen's map
plot(som_model, type="mapping", bgcol = pretty_palette[som_cluster], 
     main = "Clusters", pchs="") 
add.cluster.boundaries(som_model, som_cluster)