Вы можете переименовывать модули в Clarion - так что вы не привязаны к существующим сгенерированным именам.
Однако это не проблема корня. корень проблемы в том, что вы не хотите редактировать файлы CLW и INC, вы хотите редактировать файл APP. В противном случае ваши изменения будут потеряны при обновлении приложения.
Вы можете использовать Subversion или любую другую систему с файлами приложений - это просто двоичные файлы. С точки зрения отката это нормально.
К сожалению, когда вы оформляете приложение, вы получаете все приложение. Так что никто в команде не может одновременно работать над другими процедурами в приложении. Если ваши приложения невелики, то это не страшно, но если у вас система с одним приложением или система, состоящая из больших приложений, это может стать помехой.
Другим недостатком является то, что, будучи бинарным файлом, управление версиями не может объединять файлы - это ситуация "все или ничего".