Попробуйте использовать TypeDescription
, чтобы сообщить SnakeYAML, что следует пропустить свойства суперкласса:
final td = new TypeDescription(MyClass.class);
td.setExcludes("property1", "property2" /* ... */);
representer.addTypeDescription(td);
MyClass
- это дочерний класс.