Я не знаю специфики Mongo, однако соединителю нужен документ JSON в качестве команды, которую вы можете использовать для построения Dataweave. Что-то вроде:
<mongo:execute-generic-command config-ref="Mongo_DB">
<mongo:command ><![CDATA[#[%dw 2.0
output application/json
---
{
listDatabases: 1
}]]]></mongo:command>
</mongo:execute-generic-command>