Если единственной вещью, которую вы проверяете, является смещение (я) поставщика Kafka, то меня удивило бы, что время контрольной точки достаточно большое, чтобы замедлить ваш рабочий процесс. Или государство также сохраняется в другом месте? Если это так, вы можете пропустить это (если, согласно вашей заметке, записи HBase являются идемпотентными).
Обратите внимание, что вы также можете настроить интервал контрольных точек и (при необходимости) использовать инкрементные контрольные точки с RocksDB.