Я не уверен, что это единственное отличие, но zip-файл содержит дополнительные файлы в каталоге bin, которые можно использовать для ручной установки службы tomcat в Windows. Они полезны, если вы хотите установить более одного экземпляра tomcat на компьютере, и оба запускаются как службы, или если вы хотите использовать другое имя для службы. Но для подавляющего большинства ситуаций загрузка версии .exe является самым быстрым и простым способом для пользователей Windows.