rJava не может быть установлен на сервере - PullRequest
Новая
       37

rJava не может быть установлен на сервере

1 голос
/ 14 октября 2019

Я пытаюсь установить rJava для проведения MaxEnt (пакет Dismo) на серверах суперкомпьютера под управлением Linux. Все остальные пакеты были успешными, но rJava продолжает выдавать ошибки.

Я следил за ответами из этой темы , включая добавление jre к моему пути к файлу, использование R CMD javareconf, установку нового JDK и указание его в качестве $ JAVA_HOME. К сожалению, я не могу использовать функцию apt-get из-за своей роли на серверах, хотя я считаю, что это будет лучшим решением, поскольку оно исправит мои необходимые пути к файлам. Однако, возможно, я упускаю что-то еще, что вызывает ошибку.

Это версия Java, которую я использую: - версия openjdk "1.8.0_181" - среда выполнения OpenJDK (сборка 1.8.0_181-b13) - виртуальная машина 64-битного сервера OpenJDK (сборка 25.181-b13, смешанный режим)

Это сообщение об ошибке, которое выдается 

checking whether ~/Core/java/1.8.0_121/bin/javah actually works... no
checking whether javah was replaced by javac -h... no
configure: error: one or more Java tools are missing.

*** JDK is incomplete! Please make sure you have a complete JDK. JRE is *not* sufficient.
configure: error: ./configure failed for jri
ERROR: configuration failed for package 'rJava'
* removing '/home/afila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpvYtNJY/downloaded_packages'

1 Ответ

0 голосов
/ 22 октября 2019

У меня действительно была проблема с разрешениями. Кто-то помог мне решить эту проблему, эмулировав корневую систему, используя proot. После этого нужно было переконфигурировать каталог и получить доступ к нему.

В Unix

mkdir ~/etc cp -a $EBROOTR/lib64/R/etc/* ~/etc proot -b R CMD javareconf -e

В R

install.packages("rJava") library(rJava)

...