conda env не может создать новую среду

Question

При попытке создать новую среду инструмента viper я застреваю при решении спецификаций пакета.

Я скачал инструмент с их веб-сайта и распаковал его. Следуя инструкциям, я пытаюсь создать среду conda с именем viper.

Используя команду

conda env create -f environment.yml -n viper

, процесс застрял, как указано выше. Поэтому я попытался

conda create --file environment.yml -n viper

, но я получаю ошибку

CondaValueError: could not parse 'name: viper' in: environment.yml

заголовок моего файла environment.yml прикреплен ниже

 name: viper
 channels: #!!python/tuple
     - bioconda
     - conda-forge
     - defaults
 dependencies:
     - ...

Что мне делатьнеправильно?

У меня есть версия conda:

 $ conda info
 Current conda install:

           platform : linux-64
      conda version : 4.3.30
   conda is private : False
  conda-env version : 4.3.30
conda-build version : not installed
     python version : 3.6.3.final.0
   requests version : 2.18.4
   root environment : /home/yeroslaviz/miniconda3  (writable)
default environment : /home/yeroslaviz/miniconda3
   envs directories : /home/yeroslaviz/miniconda3/envs
                      /home/yeroslaviz/.conda/envs
      package cache : /home/yeroslaviz/miniconda3/pkgs
                      /home/yeroslaviz/.conda/pkgs
       channel URLs : https://repo.continuum.io/pkgs/main/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/main/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/free/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/r/noarch
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64
                      https://repo.continuum.io/pkgs/pro/noarch
        config file : None
         netrc file : None
       offline mode : False
         user-agent : conda/4.3.30 requests/2.18.4 CPython/3.6.3 Linux/4.4.0-72-generic debian/stretch/sid glibc/2.23    
            UID:GID : 1000:1000

спасибо

Answer 1

conda create --file environment.yml -n viper не будет работать. Эта команда пытается проанализировать каждую строку в environment.yml как имя пакета.

Вы должны использовать conda env create --file environment.yml -n viper.

Просто терпеливо дождаться разрешения конфликта.