Я знаю, что ваш вопрос определяет .htaccesss, но, возможно, это поможет вам. Включите файл index.php, как показано ниже:
<?php
$uri_path = parse_url($_SERVER['REQUEST_URI'], PHP_URL_PATH);
$uri_segments = explode('/', $uri_path);
if(strpos($uri_segments[0],'.')===false){
include 'wordpress_index.php';
}else{
include 'codeigniter_index.php';
}
Его единственная функция будет определять, какое приложение загружать, основываясь на существовании точки в первом сегменте вашего URL.