Если вы хотите создать TCP-сервер внутри вашего приложения, используйте
org.h2.tools.Server tcp = org.h2.tools.Server.createTcpServer("-tcpPort", "9999", …);
tcp.start();
.....
tcp.stop();
Если вы хотите запустить его в отдельном процессе, вы можете запустить
java -cp h2-1.4.199.jar org.h2.tools.Server -tcp -tcpPort 9999 -tcpPassword somePassword
для запуска сервера и
java -cp h2-1.4.199.jar org.h2.tools.Server -tcpShutdown tcp://localhost:9999 -tcpPassword somePassword
для его остановки.
Порт TCP по умолчанию - 9092, он будет использоваться, если вы не укажете другой.
Используйте Runtime.getRuntime().exec(…)
или ProcessBuilder
для выполнения этих команд из вашего приложения.