Попробуйте следующим образом:
Создайте переменную для хранения данных массива из вызова ajax в вашей таблице данных.
Создайте две функции (одну для документа и отдела) длязамена этих флажков (используйте класс say, checkbox-document и checkbox-отдела). Единственная цель этих функций - манипулировать указанной выше переменной из вызова ajax и выводить их в таблицу данных при последующих изменениях. Таким образом, ваши данные слабо связаны с механизмами фильтрации.