Просто используйте счетчик.
<div class="row">
<div class="col-md-6">
<?php
$i = 1;
while($row = mysqli_fetch_array($sql)) {
echo '<input type="checkbox">', $row['name'], '</input>';
if($i++ == 50) echo '</div>', PHP_EOL, '<div class="col-md-6">', PHP_EOL;
}
?>
</div>
</div>
Примечание: $row['name']
необходимо либо интерполировать в эхо-кавычках или в распечатанном виде.