Это сработало. Этот подход фактически принуждает код использовать указанные шифры
$methods = array(
'hostkey' => 'ssh-rsa,ssh-dss',
'client_to_server' => array(
'crypt' => 'aes256-ctr,aes192-ctr,aes128-ctr,aes256-cbc,aes192-cbc,aes128-cbc',
'comp' => 'none'
),
'server_to_client' => array(
'crypt' => 'aes256-ctr,aes192-ctr,aes128-ctr,aes256-cbc,aes192-cbc,aes128-cbc',
'comp' => 'none'
)
);
$connection = ssh2_connect( 'ftp_url', 'ftp_port', $methods );