Краткий ответ: Нет. JavaScript, необходимый странице, независимо от того, сгенерирован ли он из шаблона Jinja или нет, будет виден всем, кто просматривает источник страницы.
Чем длиннее ответ, тем больше вы можете '«запутать» JavaScript, чтобы сделать его нечитаемым для случайных читателей. Ваши более технические оппоненты воспримут это как вызов, что будет легко, если они смогут использовать встроенные в браузер средства отладки.