Как я могу ввести файл fasta и текстовый файл вместе, используя аргумент командной строки

Question

У меня есть файл fasta и текстовый файл, и я хочу использовать аргумент командной строки для ввода своих файлов с использованием python.

Я хочу использовать что-то вроде:

python3 myprogram.py --fasta_file test_seq.fasta --enzyme_file enzymes.fasta

Answer 1

Вам нужно использовать argparse, но я настоятельно рекомендую вам сначала прочитать руководство (https://docs.python.org/3/howto/argparse.html).

Возможное решение, о котором вы спрашиваете, следующее:

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("--fasta_file")
parser.add_argument("--enzyme_file")

args=parser.parse_args()
with open(args.fasta_file, "r") as f:
fasta_data = f.readlines()

with open(args.enzyme_file,"r") as f:
enzyme_data=f.readlines()