let allowed = ["id", "id2", etc..];
if(!allowed.includes(msg.author.id)) return msg.channel.send("You're not allowed to use this command");
При этом используется array.includes (valueToCheck).
В вашем случае вы говорите, что если в качестве массива указан идентификатор автора (который является числом).
Чтобы отредактировать массив с помощью команды:
Если вы используете обработчик команд, вы должны сохранить этот массив под тем, что вы отправляете между файлами (в большинстве случаев сообщение, аргументы, префикс и клиент), а затемиспользуйте array.push. или если вы используете 1 файл для обеих команд, вы можете просто использовать allow.push (id) для добавления идентификатора.