Как мне отобразить все мои данные на тепловой карте - PullRequest
Новая
       22

Как мне отобразить все мои данные на тепловой карте

0 голосов
/ 08 октября 2019

Я пытаюсь создать тепловую карту, используя код, который я нашел в сети. Независимо от того, использовал ли я свои собственные данные или пример кода, мои графики содержат часть данных, которые я ввел. Пожалуйста, посмотрите на приведенный ниже пример. 

library(gplots)
library(vegan)
df = data.frame(SAMPLE1 = matrix(rnorm(20), nrow=1000),
                SAMPLE2 = matrix(rnorm(20), nrow = 1000),
                SAMPLE3 = matrix(rnorm(20), nrow = 1000))

as.matrix(df) -> mat

#scaleRYG <- colorRampPalette(c("white","light green","green", 
#                               "light blue", "blue", "dark blue",
#                               "purple", "pink", "red"), space = "rgb"#(30)

data.dist <-vegdist(mat, method = "euclidean")

row.clus <-hclust(data.dist, "aver")

heatmap.2(mat, Rowv = as.dendrogram(row.clus), dendrogram = "row", 
          col=redblue(100), margins = c(12, 6), density.info = "none", 
          trace = "none", lhei = c(2,6), colsep = 1:3, sepcolor = "black",
          sepwidth =c(0.001,0.0001), xlab = "Datasets", ylab = "Wikipathways")

Изображение, которое я получаю в Rstudio, похоже на ниже, я получаю менее 100 строк, построенных из 1000 строк.

Heatmap Examaple

Это общая ссылка, если загрузка не работает. https://drive.google.com/open?id=1zSjrGUdEtcq8aIhcpTI-2Sd8mRFD1YXn

Есть ли проблема с кодом или настройкой Rstudio?

Любая помощь будет признательна.

...