Вы не можете настроить свои токены в API, защищенном IdentityServer, вы можете настроить их только в самом проекте IdentityServer. Здесь - часть документации по токенам. Надеюсь, это поможет, и что я не понял тебя неправильно.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Может быть, это поможет:
services.AddAuthentication(IdentityServerAuthenticationDefaults.AuthenticationScheme)
.AddIdentityServerAuthentication(IdentityServerAuthenticationDefaults.AuthenticationScheme,
jwtOptions =>
{
// jwt bearer options
},
referenceOptions =>
{
// oauth2 introspection options
});
Найдено здесь