Ваш скрипт открыл окно? Firefox 2 и более поздние версии не позволяют сценариям закрывать окна, которые они не открывали.
Вы могли бы попробовать этот трюк , но я понятия не имею, будет ли это работать. Я живу на стороне населения, которое считает, что пользователи должны контролировать свои окна браузера, а не приложения (несмотря на то, что у вас может быть на то веская причина).