HTML отображает иврит / арабский в логическом режиме, а в PDF вам нужно сохранить его в визуальном режиме. Что вам нужно сделать, это конвертировать из логического в визуальный режим. Есть некоторые библиотеки, которые делают это (Google для MiniBidi, который является лицензией BSD IMHO, или Fribidi, который является GPL или LGPL).
Мое настоящее предложение - изменить направление. Напишите очень маленькое приложение в Qt4, которое в качестве первого аргумента принимает URL-адрес, а второй - PDF-файл для записи. Так как Qt4 имеет поддержку HTML (через QtWebKit), имеет возможность печатать в PDF (также пост-скрипт и SVG), это должно быть проще, чем написание собственного HTML-> PDF-решения.