Если это всегда один и тот же параметр, который вам нужно отправить, почему бы просто не включить его в URI? ?
Следующий способ был бы менее хакерским для включения параметров:
library(httr)
library(jsonlite)
r <- POST(
paste0(server, ext),
query = list('CADD' = 1),
content_type_json(),
accept_json(),
body = toJSON(list('hgvs_notations' = c('chr2:g.10216G>T')))
)