Как решить 'ascp: "user @ host:" во всех источниках должны совпадать "при загрузке данных SRA с Linux? - PullRequest
0 голосов
/ 28 октября 2019

Я запускаю команду -ascp -v -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR590/SRR5907429 /SRR5907429 .sra ~/sra_download в Linux и получаю эту ошибку -

"user@host:" in all sources must match

Что это значит? Как ее решить?

enter image description here

enter image description here

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 31 октября 2019

Ваша проблема: синтаксис ascp:

Usage: ascp [OPTION] SRC... DEST
          SRC to DEST, or multiple SRC to DEST dir
          SRC, DEST format: [[user@]host:]PATH
Display full usage: -h,--help

Вы получите это, просто выполнив ascp, получите больше с помощью "ascp -h" и также получите руководство для него, или https://download.asperasoft.com/download/docs/entsrv/3.9.1/es_admin_linux/webhelp/index.html#dita/ascp_2.html

это очень похоже на "scp", но работает и в режиме "pull". Итак, у вас есть:

параметров, затем один или несколько источников, затем один пункт назначения (всегда последний аргумент).

, если пункт назначения: user @ server: folder, тогда вы делаетеpush, если источником является user @ server: folder, то вы выполняете глобальное извлечение

, вы можете выполнять только push или pull одновременно. но может быть несколько источников и всегда один пункт назначения (в командной строке).

в вашем случае у вас есть:

  • опции: -v -i ~ / .aspera /подключите / etc / asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T -l200m
  • источники: anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov: / sra / sra-instant / reads / ByRun / sra / SRR/ SRR590 / SRR5907429 / SRR5907429 .sra
  • место назначения: ~ / sra_download

первый источник: anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov: / sra /sra-instant / reads / ByRun / sra / SRR / SRR590 / SRR5907429 другие источники: / SRR5907429 .sra

, поэтому вы указываете один удаленный источник, два локальных источника и один локальный пункт назначения.

Это ошибка, которую вы получаете.

Мой совет: не используйте устаревший синтаксис, как вы, но вместо этого используйте расширенный синтаксис:

ascp [options] --mode=<send|recv> --user=<user> --host=<server> sources... destination

Существует множествопараметры, например, если все ваши исходные файлы находятся в одной папке, вы можете использовать: --source-prefix =

вы также можете использовать файл списка файлов (то есть файл, который содержитs список файлов, которые вы хотите передать, если он длинный и сгенерированный скриптом) или даже файл списка файлов par.

Обратите также внимание, что есть интересный внешний интерфейс для передач командной строки aspera:

https://www.rubydoc.info/gems/asperalm

0 голосов
/ 28 октября 2019

Во-первых, необходимо удалить «- private». Во-вторых, необходимо исправить ошибку пробела в предложении ,, например, «SRR5907429» .'ascp -v -i ~ / .aspera / connect / etc / asperaweb_id_dsa.openssh -k1 -T -200 м введите описание изображения здесь

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...