Вы должны либо добавить все модули компиляции вручную, либо просто вызвать tryToParse()
на sourceRoot
.
С этой небольшой модификацией он нашел (почти *) все файлы .java ниже SourceRoot.
Path pathToSource = Paths.get("resources/src");
SourceRoot sourceRoot = new SourceRoot(pathToSource);
sourceRoot.tryToParse();
List<CompilationUnit> compilations = sourceRoot.getCompilationUnits();
(* он не поддерживал Java-модули, поэтому он не смог разобрать мои module-info.java
).