У меня есть файлы XTC с атомами углерода и кислорода. Я использовал целое и нет, чтобы атомы C (организованные в цепочки) имели правильные координаты. Однако это также искажает положение атомов кислорода. В конце концов, это мешает анализу координат в Matlab.
Система довольно большая (80 000 атомов и 4000 кадров). Есть ли у вас какие-либо идеи, как исправить проблемы с координатами в XTC, когда nojump и cluster или целом не работают?
Best, J