Я мог бы окончательно решить эту проблему, используя отрицательную маржу для второй таблицы.
<div style="width: 100%;margin-top: 50px;margin-bottom: 0px;">
{r, echo=FALSE, warning=FALSE,message=FALSE, results='asis'}
#one datatable here
</div>
<div style="width: 66%;float: bottom;margin-top:-19px;margin-bottom: 50px;">
{r, echo=FALSE, warning=FALSE,message=FALSE, results='asis'}
#the otherone here (negative margin-top)
</div>