Можете ли вы попробовать это и посмотреть, если это то, что вам нужно:
import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'A':[5, 3, 1, 2, 2], 'B':[2, 3, 4, 2, 2]})
df2 = pd.DataFrame({'A':[1], 'B':[2]})
pd.DataFrame(df.values-df2.values, columns=df.columns)
Out:
A B
0 4 0
1 2 1
2 0 2
3 1 0
4 1 0