Вам необходимо изменить форму массива. Если посмотреть на тот, который у вас есть в данный момент, это (5, 1, 9): 5 элементов в измерении верхнего уровня, каждый элемент представляет собой массив формы (1, 9).
Теперь вы хотите иметьтакое же количество элементов верхнего уровня (думаю, строк), но внутри массивов формы (3, 3), поэтому вам нужно вызвать:
your_array.reshape((5, 3, 3))
В numpy docs выможет найти примеры использования и важную информацию о поведении, например, когда он будет возвращать представление и когда копия.