Зависит от того, для чего вы будете использовать этот флаг, но я думаю, что лучше всего было бы запросить базу данных, чтобы она получала только ненулевые значения, например
select col1,col2,col3 from table where col1 is not null and col2 is not null
and col3 is not null
Тем не менее, простой способ сделать что-то подобное в PHP будет
//array_filter filters values that evaulate to fals
$result = array_filter($input);
if (count($result) == 0) { $flag = true; }
Это завершится с ошибкой для многомерных массивов, и если нули или другие значения, которые автоматически преобразуются в ложные значения, являются допустимыми значениями в вашем массиве, если это так, вы должны построить рекурсивную функцию обратного вызова и передать ее в качестве второго параметра для array_filter.