Ваш код неверен:
if(input.substring(i,i++)=="\n")){
space ++;
}
возвращает пустую строку, потому что beginIndex и endIndex равны в вашем случае. Это потому, что i ++ будет увеличивать i после того, как переменная была оценена и использована. Чтобы заставить ваш код работать, измените i ++ на ++ i и используйте равно не ==, или измените "\ n" на '\ n' и подстроку на charAt:
if(input.substring(i,++i).equals("\n")){
space ++;
}
или
if(input.charAt(i++) == '\n'){
space ++;
}