Как указал @ Алекс в этом выпуске , решение выглядит примерно так:
bin/adminconsole doctrine:phpcr:node:remove /cmf/oldwebspacekey
bin/websiteconsole doctrine:phpcr:node:remove /cmf/oldwebspacekey
Рекомендуется сделать резервную копию перед запуском этой команды, но она работает довольно стабильно.