Не могли бы вы попробовать следующее.
awk '
FNR==NR{
a[$0,++b[$0]]=FNR
next
}
{
if(b[$0]>=++c[$0]){
if(b[$0]==1){
print "("FNR","a[$0,++d[$0]]")"
}
else{
for(i=1;i<=b[$0];i++){
print "("FNR","a[$0,i]")"
}
}
}
else{
c[$0]--
print "("FNR","a[$0,d[$0]]?a[$0,d[$0]]:0")"
}
}
' Input_file2 Input_file1
Вывод будет следующим.
(1,6)
(2,5)
(3,1)
(4,4)
(5,2)
(5,3)
(6,4)
(7,2)
(7,3)
(8,1)