HtmlUnit не останавливает обработку при достижении оповещения - вместо этого есть обработчик оповещений (зарегистрированный для клиента), который решает, как действовать.
Обработчик оповещений по умолчанию просто принимает оповещение (щелкает покнопка ok).
Вы можете зарегистрировать свой собственный AlertHandler (htmlunit / src / main / java / com / gargoylesoftware / htmlunit / AlertHandler.java) и обрабатывать каждое предупреждение индивидуально (если требуется).